Клеточная стенка, по-видимому, ответствен­на также за окрашивание по Граму. Способность или, наоборот, неспо­собность окрашиваться в темно-фиолетовый цвет при использовании метода, предложенного в 1884 г. Грамом, служит важным таксономиче­ским признаком, с которым коррелируют другие свойства бактерий. Процедура окрашивания по Граму начинается с обработки фиксиро­ванных бактериальных клеток основным красителем кристаллическим фиолетовым. Затем следует обработка раствором иода. Иод образует с кристаллическим фиолетовым комплекс, нерастворимый в воде и пло­хо растворимый в спирте и ацетоне. После этого клетки «дифференци­руют», обрабатывая их спиртом: грам-положительные клетки удержи­вают при этом комплекс краситель-иод и остаются синими, а грам-отрицательные обесцвечиваются. Для того чтобы сделать их ви­димыми, их дополнительно окрашивают контрастным красителем фук­сином.

Если после окрашивания по Граму обработать грам-положительные клетки лизоцимом, протопласты остаются окрашенными, однако под действием спирта они обесцвечиваются. Прорастающие споры Bacillus subtilis и первые генерации клеток после прорастания спор ведут себя как  грам-отрицательные  организмы.   Лишь   позднее  они   становятся

грам-положительными. Эти наблюдения показывают, что окрашиваю­щий комплекс находится в протопласте или на его поверхности и что у грам-положительных бактерий его удерживает главным образом кле­точная стенка, которая препятствует его экстрагированию.